弦楽四重奏曲第1番ト長調『ロディ』 K.80 (73f) (1770年)
第2-7番は、作曲地の名前から「ミラノ四重奏曲」と通称される。
- 弦楽四重奏曲第2番ニ長調 K.155 (134a) (1772年)
- 弦楽四重奏曲第3番ト長調 K.156 (134b) (1772年、第2楽章改訂1773年)
- 弦楽四重奏曲第4番ハ長調 K.157 (1772-1773年)
- 弦楽四重奏曲第5番ヘ長調 K.158 (1772-1773年)
- 弦楽四重奏曲第6番変ロ長調 K.159 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第7番変ホ長調 K.160 (159a) (1773年)
第8-13番は、作曲地の名前から「ウィーン四重奏曲」と通称される。
- 弦楽四重奏曲第8番ヘ長調 K.168 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第9番イ長調 K.169 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第10番ハ長調 K.170 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第11番変ホ長調 K.171 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第12番変ロ長調 K.172 (1773年)
- 弦楽四重奏曲第13番ニ短調 K.173 (1773年)
第14-19番は、まとめてハイドンに献呈されたたため「ハイドン・セット」または「ハイドン四重奏曲」と通称される。
- 弦楽四重奏曲第14番ト長調『春』 K.387 (1782年)
- 弦楽四重奏曲第15番ニ短調 K.421 (417b) (1783年)
- 弦楽四重奏曲第16番変ホ長調 K.428 (421b) (1783年)
- 弦楽四重奏曲第17番変ロ長調『狩』 K.458 (1784年)
- 弦楽四重奏曲第18番イ長調 K.464 (1785年)
- 弦楽四重奏曲第19番ハ長調『不協和音』 K.465 (1785年)
弦楽四重奏曲第20番ニ長調『ホフマイスター』 K.499 (1786年)
第21-23番は、プロイセン (プロシア)王フリードリヒ・ヴィルヘルム2世に献呈されたたため「プロシア王四重奏曲」と通称される。
- 弦楽四重奏曲第21番ニ長調 K.575 (1789年)
- 弦楽四重奏曲第22番変ロ長調 K.589 (1790年)
- 弦楽四重奏曲第23番ヘ長調 K.590 (1790年)

弦楽三重奏曲

二つのヴァイオリンと低音楽器のための三重奏曲 K.498 (1777)
ディヴェルティメント変ホ長調 K.563 (1788)

弦楽二重奏曲

ヴァイオリンとヴィオラのための二重奏曲第1番ト長調 K.423 (1783)
ヴァイオリンとヴィオラのための二重奏曲第2番変ロ長調 K.424 (1783)

ピアノが入った室内楽曲

ピアノと木管のための五重奏曲 (Pf,Ob,Cl,Hr,Fg)　変ホ長調 K.452 (1784)
ピアノ四重奏曲第1番ト短調 K.478 (1785)
ピアノ四重奏曲第2番変ホ長調 K.493 (1786)
ピアノ三重奏曲第1番変ロ長調 K.254 (1776)
ピアノ三重奏曲第2番ニ短調 K.442 (1783,90)（未完）
ピアノ三重奏曲第3番ト長調 K.496 (1786)
ピアノ三重奏曲第4番変ロ長調 K.502 (1786)
ピアノ三重奏曲第5番ホ長調 K.542 (1788)
ピアノ三重奏曲第6番ハ長調 K.548 (1788)
ピアノ三重奏曲第7番ト長調 K.564 (1788)
ピアノ、クラリネットとヴィオラのための三重奏曲変ホ長調 K.498『ケーゲルシュタット・トリオ』 (1786)

管楽器が入った室内楽曲

フルート四重奏曲第1番ニ長調 K.285 (1777)
フルート四重奏曲第2番ト長調 K.285a (1778)
フルート四重奏曲第3番ハ長調 K.追加171(285b) (1778)
フルート四重奏曲第4番イ長調 K.298 (1788)
オーボエ四重奏曲ヘ長調 K.370 (1782)
ホルン五重奏曲 (Hr,Vn,2Va,Vc) 変ホ長調 K.407 (386c) (1782)
クラリネット五重奏曲イ長調 K.581 (1789)
アダージョ変ロ長調 (2クラリネット,3バセットホルン) K.411(484a) (1785)
アダージョとロンド (グラスハーモニカ,フルート,オーボエ,ヴィオラ,チェロ) K.617 (1791)
ファゴットとチェロのためのソナタ変ロ長調 K.292(196c) (1775)
12の二重奏曲ハ長調 (2バセットホルン) K.487(496a) (1786)

ヴァイオリンソナタ

第1-4番は正しくは「ヴァイオリン声部付クラヴサン・ソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第1番ハ長調 K6 (1762-64)
- ヴァイオリンソナタ第2番ニ長調 K7 (1763-64)
- ヴァイオリンソナタ第3番変ロ長調 K8 (1763-64)
- ヴァイオリンソナタ第4番ト長調 K9 (1764)
第5-10番は正しくは「ヴァイオリンまたはフルート声部付、チェロ助奏自由のクラヴサン・ソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第5番変ロ長調 K10 (1764)
- ヴァイオリンソナタ第6番ト長調 K11 (1764)
- ヴァイオリンソナタ第7番イ長調 K12 (1764)
- ヴァイオリンソナタ第8番ヘ長調 K13 (1764)
- ヴァイオリンソナタ第9番ハ長調 K14 (1764)
- ヴァイオリンソナタ第10番変ロ長調 K15 (1764)
第11-16番、K46d、K46eは正しくは「ヴァイオリン声部付クラヴサン・ソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第11番変ホ長調 K26 (1766)
- ヴァイオリンソナタ第12番ト長調 K27 (1766)
- ヴァイオリンソナタ第13番ハ長調 K28 (1766)
- ヴァイオリンソナタ第14番ニ長調 K29 (1766)
- ヴァイオリンソナタ第15番ヘ長調 K30 (1766)
- ヴァイオリンソナタ第16番変ロ長調 K31 (1766)
- ヴァイオリンソナタハ長調 K46d (1768)
- ヴァイオリンソナタヘ長調 K46e (1768)
第17-22番はモーツァルトの作品ではない。
- ヴァイオリンソナタ第17番ヘ長調 K55(C23.01)
- ヴァイオリンソナタ第18番ハ長調 K56(C23.02)
- ヴァイオリンソナタ第19番ヘ長調 K57(C23.03)
- ヴァイオリンソナタ第20番変ホ長調 K58(C23.04)
- ヴァイオリンソナタ第21番ハ短調 K59(C23.05)
- ヴァイオリンソナタ第22番ホ短調 K60
第23番はヘルマン・フリードリヒ・ラウパッハの作品。
- ヴァイオリンソナタ第23番イ長調 K61
第24番は正しくは「ヴァイオリン伴奏のクラヴィアのソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第24番ハ長調 K296 (1778)
第25-30番は正しくは「ヴァイオリン伴奏のクラヴサンまたはピアノのソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第25番ト長調 K301(293a) (1778)
- ヴァイオリンソナタ第26番変ホ長調 K302(293b) (1778)
- ヴァイオリンソナタ第27番ハ長調 K303(293c) (1778)
- ヴァイオリンソナタ第28番ホ短調 K304(300c) (1778)
- ヴァイオリンソナタ第29番イ長調 K305(293d) (1778)
- ヴァイオリンソナタ第30番ニ長調 K306(300l) (1778)
ヴァイオリンソナタ第31番変ロ長調 K372 (1781)
第32-36番は正しくは「ヴァイオリン伴奏のクラヴィアのソナタ」
- ヴァイオリンソナタ第32番ヘ長調 K376(374d) (1781)
- ヴァイオリンソナタ第33番ヘ長調 K377(374e) (1781)
- ヴァイオリンソナタ第34番変ロ長調 K378(317d) (1779)
- ヴァイオリンソナタ第35番ト長調 K379(373a) (1781)
- ヴァイオリンソナタ第36番変ホ長調 K380(374f) (1781)
ヴァイオリンソナタ第37番イ長調 K402(385e) (1782)
ヴァイオリンソナタ第38番ハ短調 K403(385c) (1782)
ヴァイオリンソナタ第39番ハ長調 K404(385d) (1782)
ヴァイオリンソナタ第40番変ロ長調 K454 (1784)
ヴァイオリンソナタ第41番変ホ長調 K481 (1785)
ヴァイオリンソナタ第42番イ長調 K526 (1787)
ヴァイオリンソナタ第43番ヘ長調 K547 (1788)
フランスの歌「羊飼いの娘セリメーヌ」の主題による12の変奏曲ト長調 K.359(374a)
「ああ、私は恋人をなくした」（泉のほとりで）の主題による6つの変奏曲ト短調 K.360(374b)

ピアノ曲

ピアノソナタ

ピアノソナタ第1番ハ長調 K.279(189d)
ピアノソナタ第2番ヘ長調 K.280(189e)
ピアノソナタ第3番変ロ長調 K.281(189f)
ピアノソナタ第4番変ホ長調 K.282(189g)
ピアノソナタ第5番　ト長調 K.283(189h)
ピアノソナタ第6番ニ長調 K.284(205b)
ピアノソナタ第7番ハ長調 K.309(284b)
ピアノソナタ第8番イ短調 K.310(300d)
ピアノソナタ第9番ニ長調 K.311(284c)
ピアノソナタ第10番ハ長調 K.330(300h)
ピアノソナタ第11番イ長調 K.331(300i) 『トルコ行進曲付き』
ピアノソナタ第12番ヘ長調 K.332(300k)
ピアノソナタ第13番変ロ長調 K.333(315c)
ピアノソナタ第14番ハ短調 K.457
ピアノソナタ第15番ヘ長調 K.533/494（旧全集では第18番）
ピアノソナタ第16番ハ長調 K.545（旧全集では第15番）
ピアノソナタ第17番変ロ長調 K.570（旧全集では第16番）
ピアノソナタ第18番ニ長調 K.576（旧全集では第17番）

2台のピアノのためのソナタニ長調 K.448(375a)
2台のピアノのためのソナタ楽章変ロ長調（断片） K.Anh.42(375b)
2台のピアノのためのソナタ楽章またはロンド・フィナーレ変ロ長調（断片） K.Anh.43(375c)

その他のピアノ曲、他

アンダンテハ長調 K.1a（1761）
アレグロハ長調 K.1b（1761）
アレグロヘ長調 K.1c
メヌエットヘ長調 K.1d
メヌエットト長調 K.1（1e）
メヌエットハ長調 K.1（1f）
メヌエットヘ長調 K.2
アレグロ変ロ長調 K.3
メヌエットヘ長調 K.4
メヌエットヘ長調 K.5
アレグロハ長調 K.5a（9a）
アンダンテ変ロ長調 K.5b（9b）（断片）
ロンドン小曲集 K.15~15ss（「ロンドンのスケッチブック」とも）
クラヴィーア小品 K.33B
フーガ K.41e（紛失）
モルト・アレグロト長調 K.72a（35小節のみ現存。）
フーガの主題ニ長調 K.73w（断片）
メヌエットニ長調 K.94（73h）
フーガ変ホ長調 K.153（375f）（断片、27小節と6小節）
ロンド K.284f（紛失）
2台のピアノのためのアレグロハ短調 (断片) K.Anh.44(426a)
2台のピアノのためのフーガハ短調 K.426
2台のピアノのためのフーガト長調 (断片) K.Anh.45(375d)
2台のピアノのためのラルゲットとアレグロ変ホ長調 (断片) K.deest
アンダンテと5つの変奏曲ト長調 K.501 (四手のための)
きらきら星変奏曲 K.265

幻想曲ハ短調 K.475　（ピアノソナタ第14番とともに演奏されることが多い）
幻想曲ニ短調 K.397　（最後の10小節は後から書き加えられたとされている）
ロンドニ長調 K.485
ロンドイ短調 K.511
バターパン（バターを塗ったパン一切れ）
幻想即興曲 K.Anh.C27.02（偽作）
葬送行進曲（消失）
習作（偽作）

ピアノのための変奏曲

ピアノ変奏曲　ハ長調　K.21a（Anh.206）（紛失、疑作？）
C.E.グラーフのオランダ語歌曲「われは勝てり」による8つの変奏曲　ト長調　K.24（Anh.208）
オランダ歌曲「ヴィレム・ヴァン・ナッサウ」による7つの変奏曲　ニ長調　K.25
アレグレットの主題による6つの変奏曲　K.54（457b）（ヴァイオリン・ソナタ K.547の終楽章の編曲）
J.C.フィッシャーのメヌエットによる12の変奏曲　ハ長調　K.179（189a）
サリエリの歌劇「ヴェネツィアの定期市」のアリア「わが愛しのアドーネ」による6つの変奏曲　ト長調　K.180（173a）
N.ドゼートの「リゾンは森で眠っていた」の主題による9つの変奏曲　ハ長調　K.264（315b）
グレトリーの歌劇｢サムニウム人の結婚｣の行進曲の主題による8つの変奏曲　ヘ長調　K.352（374a）
「美しいフランソワーズ」の主題による12の変奏曲　変ホ長調　K.353（300f）
ボーマルシェの「セビーリャの理髪師」のロマンス「私はランドール」による12の変奏曲　変ホ長調　K.354（299a）
パイジェッロの歌劇「哲学者気取り、または星占いたち」の「主に幸いあれ」による6つの変奏曲　ヘ長調　K.398（416e）
グルックのジングシュピール「メッカの巡礼たち」のアリエッタ「愚民が思うには」による10の変奏曲　ト長調　K.455
サルティの歌劇「2人が争えば3人目が得をする（鳶に油揚）」のミンゴーネのアリア「仔羊のように」による2つ（8つ）の変奏曲　イ長調　K.460（454a）
アレグレットの主題による12の変奏曲　変ロ長調　K.500
J.P.デュポールのメヌエットの主題による9つ（6つ）の変奏曲　ニ長調　K.573（自筆譜紛失）
B.シャックの「馬鹿な庭師」のリート「女ほど素敵なものはない」の主題による8つの変奏曲　ヘ長調　K.613

オルガン曲

自動オルガンのためのアダージョとアレグロ　ヘ短調 K.594
自動オルガンのためのアレグロとアンダンテ　ヘ短調（幻想曲）K.608
自動オルガンのためのアンダンテ　ヘ長調 K.616

教会ソナタ

17曲の教会ソナタ
教会ソナタニ長調 K.124A (Anh.65a)（偽作）
教会ソナタ K.124c (Anh.C16.01)（断片）

宗教音楽

ミサ曲

ミサ曲　ト長調 K.49 (47d)
ミサ曲　ニ短調 K.65 (61a)
ドミニクス・ミサ K.66
ミサ曲　ヘ長調 K.116 (90a)（偽作）
孤児院ミサ　K.139 (47a)
小クレド・ミサ　K.192 (186f)
雀ミサ K.220 (196b)
戴冠ミサ K.317 ハ長調
大ミサ曲　K.427 (417a) ハ短調（未完）
レクイエム　K.626 ニ短調（未完）

合唱音楽・モテット

モテット「神はわれらの避け所」K.20
キリエ　ヘ長調 K.33
キリエ　ト長調 K.89(73k)
キリエ　ニ短調 K.90
キリエ　ニ長調 K.91(186i)(未完)
ミゼレーレ　イ短調 K.85(73s)
聖体の祝日のためのリタニア　K.125
ディクシットとマニフィカト　K.193(186g)
モテット『アヴェ・ヴェルム・コルプス』
モテット『エクスルターテ・ユビラーテ』
合唱曲『固く手を握りしめ』
合唱付き歌曲『今日こそ浸ろう、親愛なる兄弟よ』
合唱付き歌曲『新しい指導者である君たちよ』
カンタータ『聖墓の音楽』
カンタータ『悔悟するダヴィデ』

歌曲

ダフネよ、汝がバラ色の頬に K.52(46c)
歓喜に寄す K.53(47e)
いかにわれ不幸になる K.147(125g)
おお、聖なる絆よ K.148(125h)
大らかな落ち着き K.149(125d)
ひそかなる愛 K.150(125e)
低き身分にある喜び K.151(125f)
カンツォネッタ「静けさはほほえみつつ」K.152(210a)
鳥よ、年ごとに　K.307 (284d)
寂しく暗い森で K.308(295b)
満足 K.349(367a)
子守歌 K.350(Anh.C8.48)(B.フリース作、「モーツァルトの子守歌」として有名)
おいで、愛しのツィターよ K.351(367b)
希望に寄す K.390(340c)
孤独に寄す K.391(340b)
すみれ（Das Veilchen）　K.476
ルイーゼが不実な恋人の手紙を焼いたとき（Als Luise die Briefe ihres ungetreuen Liebhabers verbrannte）　K.520
ラウラに寄せる夕べの想い（Abendempfindung an Laura）　K.523
別離の歌 K.519
クローエに（An Chloe） K.524
春への憧れ（Sehnsucht nach dem Frühling） K.596
魔法使い（Der Zauberer） K.472
老婆 K.517
夢の姿（Das Traumbild） K.530
紡ぎ娘（Die Spinnerin） K.531
死の行為 K.deest(散逸)